US 5846719, 08.12.1998. US 2003054346, 20.03.2003. US 2003077607, 24.04.2003. CA 2361373, 27.07.2000. RU 94033149 A1, 27.07.1996. LI F. ET AL.: "Selection of optimal DNA oligos for gene expression arrays", Bioinformatics, 2001, v.17, n.11, p.1067-1076. FERRAGINA P. ET AL.: "An experimental study of compressed index", Information sciences, 2001,v.135, p.13-28. DONG S. ET AL.: "Flexible use of high-density oligonucleotide arrays for single-nucleotide polymorphism discovery and validation", Genome Res., 2001, v.11, n.8, p.1418-1424. MILOSAVLJEVI A. ET AL.: "Discovering sequence similarity by the algorithmic significance method". Protocols of Int Conf Intell Syst Mol Biol., 1993, v.1, p.284-291. COLOSIMO A. ET AL.: "An improved method for detection of words with unusual occurrence frequency in nucleotidic sequences", Journal of Theoretical Biology, 1993, v.165, n.4, p.659-672.
Имя заявителя:
КОЛД СПРИНГ ХАРБОР ЛЭБОРЕТЕРИ (US)
Изобретатели:
ВИГЛЕР Майкл Х. (US) ХИЛИ Джон (US) ЛУСИТО Роберт (US)
Патентообладатели:
КОЛД СПРИНГ ХАРБОР ЛЭБОРЕТЕРИ (US)
Приоритетные данные:
23.05.2003 US 60/472,843 23.05.2003 US 60/472,845
Реферат
Изобретение относится к олигонуклеотидным зондам и их композициям, которые могут использоваться для анализа репрезентативной выборки генома. Предлагается алгоритм, использующий преобразование генома и вспомогательную структуру данных для быстрого и точного подсчета количества конкретного нуклеотидного мотива в геноме. Подобный алгоритм может быть использован для идентификации олигонуклеотидных зондов по настоящему изобретению. Также предоставляются системы и способы для анализа различий в числе копий нуклеотидных последовательностей и сравнения уровня метилирования между двумя геномами. Изобретение предлагает упрощенный способ анализа генома за счет виртуального представления, с минимальным риском перекрестной гибридизации и возможностью избежать завышенного или заниженного представления некоторых последовательностей при анализе генома. 8 н. и 63 з.п. ф-лы, 12 ил., 2 табл.
Поиск патентов
Получить полное описание патента